مخالفانِ این مدارس می‌گویند گویا مراجع تقلید فعالیت مدارسِ طبیعت را غیرشرعی دانسته‌‌اند و نهادهای امنیتی هم گفته‌اند که بنیانگذاران این مراکز توده‌ای بوده‌اند.
از سوی دیگر، موافقانِ «مدرسۀ طبیعت» هم کوشیدند با تخفیف و تقلیل ماجرا به اختلاط و پوشش کودکانِ نابالغ، لمس چند حیوان یا انتقام‌گیری شخصی مسؤولان، مسألۀ اصلی را نادیده بگیرند.
اما نه در زمان طرح ایدۀ «مدرسۀ طبیعت»، نه در هنگام فعالیت آن و نه اکنون که حدود 80 شعبۀ آن در کشور تعطیل شده، کسی نپرسیده و نمی‌پرسد که مراد از «طبیعت» در عنوان «مدرسۀ طبیعت» چیست؛ ظاهراً این مدارس معلّم و مرّبی ندارند و کودک بی‌واسطه و مستقیم به استاد (یعنی طبیعت) مراجعه می‌کند؛ اما (به قول آن حکیم) «طبیعت» صامت است و این آدمیان هستند که آن‌را به سخن می‌آورند و به آن معنا می‌بخشند.
پس به‌لحاظ منطقی می‌توان پرسید «طبیعت» در نگاه مؤسّسان و تسهیل‌گران «مدرسۀ طبیعت» چه معنایی دارد؟ طبیعت و محیط زیستی که باید آن را حفظ کرد و دوستدارش بود چیست؟ طبیعتِ آئینه‌گون مورد نظر عارفان، حکیمان، معناگرایان و فیلسوفان متألّه است؟ طبیعتِ تصادفی و بی‌ناظمِ زیست‌شناسانِ داروینیست است؟ طبیعتِ کلیسای مسیحی است که منافاتی میان خداباوری و سازوکار کشف شده از سوی داروین نمی‌بیند؟ یا ...
حال «اگر» پیامد بلند مدّت، باواسطه و ناخواستۀ (بدون نیت‌خوانی) حضور کودکان در مدرسۀ طبیعت، آشنایی با «زیست‌شناسی فرگشتی/تکاملی آن‌هم با قرائت خداناباورانۀ داوکینزی باشد، آیا والدینِ خداباور (خدا به همان معنای ادیان توحیدی) یا معناگرا به لحاظ اخلاقی مجازند کودکان خود را به این مدارس بفرستند؟
به‌بیان دیگر، احتمالاً اگر فاصلۀ مدرسۀ طبیعت (با آثار عمیق روانشناختی) تا زیست‌شناسیِ تکاملی به روایت داوکینز (با ثمرات معرفت‌شناختی) و سرانجام آتئیسم/خداناباوری، به اندازۀ کودکی تا جوانی باشد، تکلیفِ اخلاقی والدینِ خداباور یا معناگرا چیست؟
اذعان سخنگوی شورای مسلمانانِ سابق بریتانیا (مریم نمازی) در ابتدای مصاحبه با «ریچارد داوکینز» را نمی‌توان نادیده گرفت: با بسیاری از مسلمانان سابق روبه‌رو شده‌ام و نخستین چیزی که می‌گویند این است که با مطالعۀ کتابِ شما یعنی God Delusion اسلام را رها کرده‌اند. خود داوکینز هم بارها (مثلاً در مصاحبه با CNN) گفته و نوشته است: پیش از همه «داروین» این امکان را فراهم کرد که آتئیستی (خداناباوری) روشنفکر و کامل باشیم؛ بدون داروین نمی‌توانستیم بی‌خدا باشیم.
کسانی برنیاشوبند و بر «اگرِ» پرسش نتازند، اتفاقاً تجربۀ عینی گذشته در بعضی از دبیرستان‌های مشهد تأییدگر آن است که شرطِ این پرسش موهوم یا توطئه‌اندیشانه نیست. امروز هم در تبارشناسی تاریخیِ جریان‌های فرهنگی گذشته می‌خوانیم یا می‌شنویم که آغازگرانِ فلانِ جریان فکری-فرهنگی در ایّام نوجوانی در مدرسۀ بهمان درس خوانده و تحت تأثیر اندیشه‌های مؤسّس آن بوده‌اند.
واژۀ «اخلاق» برای بسیاری تداعی‌گر نام استاد ارجمند «مصطفی ملکیان» است و او صلاحیت تام دارد که در این زمینه اظهارنظر کند؛ چراکه عالمی است متخلّق که حاضر نیست اخلاق را قربانی سیاست کند و گویا با اندیشۀ مؤسّسانِ این مدارس و نگاه آنان به «طبیعت» هم به‌خوبی آشناست.
همچنین، او باورمندی به این گزارۀ «هستی‌شناختی» را لازمۀ معنویت می‌داند که تمام هستی به چنگ سه علم پایه (فیزیک، شیمی و زیست‌شناسی) نمی‌افتد. تفکیک گذر روانشناختی از گذر منطقی هم آموزۀ دیگر ایشان است که به درک بهتر پرسش بالا می‌انجامد. (امیدوارم استاد گران‌قدر به هر صورتی که صلاح می‌دانند به پرسش شاگردِ نادیدۀ خود عالمانه و بی‌طرفانه پاسخ دهند)
در پایان، تأکید می‌کنم که طرح این پرسش‌ها به معنای تأییدِ تعطیلی این مدارس و بیکارشدن چند صد نفر نیست. انکار حَسَنات آشکار این مدارس (شادی، سلامتی، خلاقیت کودکان و ...) هم نه عالمانه است و نه منصفانه. تأسیس و تعطیلی این مدارس نمود دیگری از بلاتکلیفی و تناقض تاریخی ماست، که توضیح آن مجال دیگری می‌طلبد.
نظر شما