یک عضو شورای نگهبان گفت: «ممکن است تخلفاتی در انتخابات صورت گرفته باشد؛ اما اتهام تقلب در انتخابات 88 تهمت بزرگی بود که به جمهوری اسلامی ایران زده شد.» محسن اسماعیلی همچنین نظام انتخاباتی در کشور را از جهات مختلف نیازمند بازنگری کلی دانست و گفت: «در دوره‌های انتخاباتی گذشته تاکنون به مرور تاثیر تبلیغات، پول و وعده‌های نامزدها در نتیجه انتخابات بیشتر شده و این مساله نگران‌کننده است.»
او گفت: «همه مسائل فتنه 88 از نوع رفتار آقای احمدی‌نژاد در مناظرات انتخاباتی که از رسانه ملی پخش شد، نشات نمی‌گیرد هرچند ایشان رفتار مناسبی نداشتند.»
اسماعیلی افزود: «رفتار آقای احمدی‌نژاد در مناظرات خلاف شرع و اخلاق بود که رهبر معظم انقلاب نیز این نوع رفتار را مورد نکوهش قرار دادند، اما رفتار نادرست احمدی نژاد در مناظرات آنقدر مهم نبود که چنین واکنش گسترده‌ای به‌صورت یک فتنه بعد از انتخابات داشته باشد.» او در بخش دیگری از سخنان خود گفت: «برخی اعضای این شورا در انتخابات ریاست جمهوری سال 1388 موضع‌گیری‌های خاصی نسبت به برخی نامزدهای ریاست جمهوری داشتند، بنابراین در انتخابات تا حدی قانون را زیر پا گذاشتند.» محسن اسماعیلی افزود: «اگر بخواهیم منصفانه درباره جریان فتنه 88 قضاوت کنیم باید بگوییم که برخی اعضای شورای نگهبان از حق خود به‌عنوان یک داور پا را فراتر گذاشتند.»
